بر اساس ماده 99 قانون برنامه سوم توسعه فرهنگی، اقتصادی و اجتماعی کشور، وزارت فرهنگ و آموزش عالی به وزارت علوم، تحقیقات و فناوری تغییر نام داده و ماموریتهای جدی و جدیدی در حوزه پژوهش و فناوری به وزارت محول شده است. بر همین اساس قانون اهداف، وظایف و تشکیلات وزارت علوم، تحقیقات و فناوری در شهریورماه 1383 به تصویب مجلس شورای اسلامی رسیده است. بر اساس مواد 3 و 4 این قانون، تشکیل شورای عالی علوم، تحقیقات و فناوری با هدف ایجاد هماهنگی و یکپارچگی در سیاستگذاری کلان اجرایی در حوزه علوم، تحقیقات و فناوری پیشبینی شده است. وظایف و اختیارات شورا در قانون مذکور به شرح زیر ذکر شده است:
- اولويتبندي و انتخاب طرحهاي اجرائي بلندمدت سرمايهگذاري كلان در بخشهاي آموزشي و پژوهشي وفناوري؛
- بررسي و پيشنهاد منابع مالي مورد نياز در حوزه هاي علوم، تحقيقات و فناوري.
به موجب قانون، دبیرخانه شورای عالی در وزارت علوم، تحقیقات و فناوری مستقر است و مصوبات آن پس از ابلاغ ریاست محترم جمهور برای کلیه دستگاههای اجرایی کشور لازمالاجراست.